1995年，中國原國家體制改革委員會、林業部聯合頒布的《林業經濟體制改革總體綱要》中提出「森林資源培育要按照森林的用途和生產經營目的劃定公益林和商品林，實施分類經營，分類管理」。1999年，《國家林業局關於開展全國森林分類區劃界定工作的通知》要求各地開展森林分類區劃工作。全國據此開展的首次森林分類區劃界定，為實施林業分類經營和建立森林生態效益補償制度打下了基礎。2003年，《中共中央國務院關於加快林業發展的決定》明確提出：「實行林業分類經營管理體制。將全國林業區分為公益林業和商品林業兩大類，分別採取不同的管理體制、經營機制和政策措施。」

1998年森林法修改時，對於分類經營管理制度是否在森林法中進行規定，曾經進行過研究、討論。雖然原森林法沒有將「分類經營管理」作為基本製度寫入法律，但是通過設定森林生態效益補償基金制度，規定五大林種中的防護林和特種用途林與其他三類林種採取不同的採伐和流轉制度，已經肯定了分類經營管理的理念和做法，為分類經營管理制度成熟後寫入法律留下了空間。

為充分發揮森林多種功能，滿足全社會的多需求，提高管理效能，既考慮生態效益和林業發展，又考慮林農權益和林區穩定，本次森林法修訂在總結林業多年分類經營改革成功經驗的基礎上，將「對公益林和商品林實行分類經營管理」作為基本製度在「總則」中予以明確，對公益林和商品林確立不同的經營、管護製度，通過突出主導功能，發揮多種功能，實現森林資源科學經營、永續利用。

對於公益林，核心就是嚴格保護。本次修訂首先明確了公益林劃定的基本原則和範圍。以主導功能和生態區位為分類依據，規定將森林生態區位重要或者生態狀況脆弱，以發揮生態效益為主要目的的林地和林地上的森林劃定為公益林。實際工作中，根據國家林草局和財政部共同製定的《國家級公益林區劃界定辦法》，開展了國家級公益林的劃定。在總結實踐中公益林劃定具體範圍、標準的基礎上，新修訂的森林法規定重要江河源頭匯水區域，重要江河幹流及支流兩岸、飲用水水源地保護區，重要濕地和重要水庫周圍等區域的林地和林地上的森林等，應當劃定為公益林。

 

其次，建立了公益林的經營和管理制度。一是強調科學保護。嚴格保護公益林並非排斥科學經營，公益林中生態功能低下的低質低效林，應當採取林分改造、森林撫育等措施，提高森林質量和生態保護功能。二是嚴格採伐管理。公益林以發揮生態效益為主，除因科研、防火、有害生物防治等特殊需要以外，只能進行撫育、更新和低質低效林改造性質的採伐。三是規範合理利用。為了提高森林經營質量，調動公益林經營的積極性，在嚴格遵守國家有關規定、符合公益林生態區位保護要求、不影響公益林生態功能、經科學論證等前提下，可以合理利用公益林林地資源和森林景觀資源，適度開展林下經濟、森林旅遊等。

再次，加強對非國有公益林經營者權利的保護。公益林實施嚴格保護，會對林業經營者的權利進行一些限制。本次修訂在原森林法基礎上，特別規定公益林劃定涉及非國有林地的，應當與權利人簽訂書面協議，並給予合理補償。

對於商品林，核心是依法自主經營。本次修訂明確，未劃定為公益林的林地和林地上的森林屬於商品林。規定國家鼓勵發展商品林，經營者在不破壞生態的前提下，依法享有自主經營的權利，可以採取集約化的經營措施，提高經濟效益。商品林也要兼顧生態效益，商品林可以採取包括皆伐在內的採伐方式，但應嚴格控制皆伐方式，按照規定完成更新造林。同時，針對實踐中一些不科學造林影響生態環境的情況，對發展速生豐產用材林等提出了「在保障生態安全的前提下」的要求。